陽離子脂質材料在經轉染和表達過程中，有諸多因素均會影響表達效率，如細胞所處的周期、脂質體與質粒的比例、質粒DNA的大小及構型、脂質體/DNA復合物的正負電荷比例和大小等。
影響因素：
1、細胞所處的周期
細胞轉染是一個多步驟、復雜的過程，包括細胞攝取、胞內轉運和核孔轉運。目前普遍認為抑制DNA釋放的因素以及DNA進入細胞核的干擾因素，均對陽性脂質體介導基因轉染產生重要影響。細胞在有絲分裂時，外源性DNA更容易被細胞核攝取。
由此認為，DNA進入細胞核的一個主要機制是依賴于細胞分裂時的有絲分裂被動進入胞核。此外，脂質體的轉染效率還跟轉染時間、轉染細胞的類型、轉染細胞的生長狀態及融合程度等因素有關。
2、質粒DNA的大小及構型
有相關研究把陽離子脂質材料作為基因載體，并將3種構型（超螺旋、開環和線型）的質粒DNA分別轉染Vero細胞，結果發現超螺旋質粒DNA的轉染效率高。
此外，也有實驗表明小于100bp的DNA片段可以在細胞質中自由移動。然而隨著DNA片段的增大，其在細胞質中的遷移能力也隨之降低。這是由于核孔對于進入細胞核的DNA有大小限制的作用。
3、脂質體/DNA復合物的正負電荷比例和大小
脂質體/DNA復合物中兩者的正負電荷比例是影響基因轉染效率的重要因素。其中的一個重要原因是，兩者所帶電荷比例可直接影響復合物的粒徑，而當復合物的直徑尺寸在0.4-1.4um范圍內時，具有較高的轉染效率。
以上是影響陽離子脂質材料轉染效率的幾個常見的因素，在這些影響因素中，對無血清細胞培養基的開發和利用無疑是提高細胞轉染效率的一條重要途徑。
